まさかinitrdがmdを認識しないわけがないと思ってたんだが、どうやらそのまさかだったらしく、以下を行うことで解決した。
# mount /dev/md0 /mnt
# sudo mkinitrd --fstab=/mnt/etc/fstab -f /mnt/boot/initrd-`uname -r`.img `uname -r`
# umount /mnt
DebianとRedHatの違いか。
参考:http://wiki.jwds.jp/index.php?%E9%9D%9ERAID%E3%81%AESoftRAID%E3%81%B8%E3%81%AE%E7%A7%BB%E8%A1%8C
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